Ծնվել է Լոնդոնում։ Նրա նախնիները (Ֆո ազգանունով, որին գրողն ավելացրել է «դե» մասնիկը) բողոքականներ են եղել, 16-րդ դարում փախել են Ֆլանդրիայից, կրոնական պատերազմի տարիներին խուսափել կաթոլիկների հալածանքներից։Դեֆոյի հայրը արհեստավոր է եղել, ունեցել է մոմագործական արհեստանոց, ապրել Լոնդոնի արվարձանում, սեփական տանը։ Լինելով խստակենցաղ պուրիտան և չափազանց խնայող, նա որդուն տեղավորել է հոգևոր ճեմարան։ Ապագա գրողն այնտեղ ստացել է պատմության, մաթեմատիկայի, աշխարհագրության գործնական գիտելիքներ, ուսումնասիրել է կենդանի (ֆրանսերեն, իսպաներեն, իտալերեն) և դասական (լատիներեն և հին հունարեն) լեզուներ։ Նա չի ցանակացել դառնալ քարոզիչ և զբաղվել է ձեռնարկչական գործունեությամբ ու առևտրով։ Երիտասարդ հասակում զբաղվել է գինեվաճառությամբ, եղել է Ֆրանսիայում, Իսպանիայում, Իտալիայում, Պորտուգալիայում։ Ռեստավրացիայի տարներին մասնակցել է դուքս Մոնմութի ապստամբությանը, որը ձախողել և ճնշել է Յակոբ Երկրորդը։
«Փառապանծ հեղափոխության» ժամանակ Դեֆոն լոնդոնցի այն առևտրականների մեջ էր, որոնք մայրաքաղաքում հանդիսավոր դիմավորեցին նոր թագավոր Վիլհելմ Օրանցուն (Վիլյամ Երրորդ)